В соответствии с Указом Президента РФ от 9 марта 2004 г. N 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти» образована Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору. Постановлением Правительства РФ от 30 июня 2004 г. N327 утверждено Положение о Федеральной службе по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор).
Россельхознадзор является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по контролю и надзору в сфере ветеринарии, карантина и защиты растений, безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами, обеспечения плодородия почв, обеспечения качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, побочных продуктов переработки зерна, земельных отношений (в части, касающейся земель сельскохозяйственного назначения), функции по защите населения от болезней, общих для человека и животных.
На основании Приказа Руководителя Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору С.А. Данкверта от 24 января 2005 года №4 «О создании территориальных органов Россельхознадзора» было создано Управление Россельхознадзора по Республике Мордовия. В результате реорганизации управлений Россельхознадзора по Республике Мордовия и Пензенской области путем их слияния, на основании записи, внесенной в Единый государственный реестр юридических лиц от 28.02.2013 года № 001484619, создано новое Управление Россельхознадзора по Республике Мордовия и Пензенской области, которое в настоящее время осуществляет свои полномочия на основании Положения, утвержденного Приказом Россельхознадзора от 22.08.2022 г. № 1283.