В целях реализации государственной политики в области геральдики, упорядочения официальных символов федеральных органов исполнительной власти, сохранения и развития исторических традиций постановлением Правительства Российской Федерации от 20 ноября 2006 года № 704 утверждено Положение о геральдическом знаке-эмблеме, флаге Россельхознадзора, вымпеле руководителя Россельхознадзора и вымпеле судов, используемых для осуществления контроля в области рыболовства и сохранения водных биологических ресурсов, их описания и рисунки.
Флаг Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору представляет собой поле темно-зеленого цвета в левом верхнем углу которого изображен флаг Российской Федерации (триколлор), а справа от центра изображение двуглавого орла с поднятыми крыльями серебристого цвета, увенчанного тремя объединенными лентой коронами, поддерживающего лапами расположенный на его груди прямоугольный закругленный книзу щит темно-зеленого цвета. В щите помещено серебристое изображение столпа законов, наложенного на два перекрещивающихся колоса золотистого цвета (Геральдический знак — эмблема Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору).
Геральдический знак — эмблема Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору представляет собой изображение двуглавого орла с поднятыми крыльями серебристого цвета, увенчанного тремя объединенными лентой коронами, поддерживающего лапами расположенный на его груди прямоугольный закругленный книзу щит темно-зеленого цвета. В щите помещено серебристое изображение столпа законов, наложенного на два перекрещивающихся колоса золотистого цвета (большая эмблема).
Допускается использование в качестве самостоятельных эмблем Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору изображений щита, в котором помещено изображение столпа законов, наложенного на два перекрещивающихся колоса (средняя эмблема), и столпа законов серебристого цвета, наложенного на два перекрещивающихся колоса золотистого цвета (малая эмблема). Эмблема Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору может выполнятся и в монохромном варианте.
Монохромный вариант